1、菌種是指食用菌菌絲體及其生長基質組成的繁殖材料。菌種分為母種（一級種）、原種（二級種）和栽培種（三級種）三級。工業發酵的有用菌種，其篩選步驟包括菌種分離、初篩和復篩。
2、挑選具有某種能力的有用菌種，也稱種子制備，是指菌種在一定條件下，經過擴大培養成為具有一定數量和質量的純生產菌種的制備過程。以作接入發酵罐中進一步擴大菌體量及合成產物之用。
4、保存在沙土管或冷凍管中的生產菌種，用無菌手續挑取少許，接入瓊脂斜面培養基上，在25℃（或較高溫度）下培養5～7天（或較長時間。所得孢子還需進一步用較大表面積的固體培養基以獲得更多孢子（對于霉菌類孢子制備，多數采用大米、小米之類的天然培養基）。
5、將培養成熟的斜面孢子制成懸浮液，接種到扁瓶固體培養基上，于25～28℃培養14天。將成熟的扁瓶孢子于真空中抽干，使水分降至10%以下，并放入 4℃冰箱中備用。一次制得的孢子瓶可在生產上延續使用半年左右。
放線菌孢子的培養基大多是采用麩皮或豌豆浸出液及無機鹽與瓊脂制成的。將斜面孢子接入擴大的扁瓶孢子培養基中,于28～37℃培養5～14天。所獲得的大量孢子可直接作為種子罐(6)的種子。
6、如果有些生產菌種不產孢子，如赤霉素產生菌或產孢子不多的，則可采用搖瓶(5)液體培養制得菌絲體，作種子罐的種子。種子罐的目的是使接入有限的孢子或菌絲體迅速發芽、生長、繁殖成大量菌體。其中的培養基組分應是易于被菌體利用的碳源（如葡萄糖）和氮源（如玉米漿），及無機鹽(如磷酸鹽)等。作為發酵罐(7)的種子應生命力旺盛、染色深、菌絲粗壯，無雜菌及異常菌體。接種量一般在10%～20%。
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